Được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ, Ủy ban Nhân dân tỉnh Hà Giang đã có văn bản chỉ đạo Ủy ban Nhân dân huyện Đồng Văn tiến hành tháo dỡ cột cờ Lũng Cú cũ và tiến hành trùng tu, tôn tạo và xây dựng mới. Theo thiết kế cột cờ mới được xây dựng với chiều cao 33,15m (hơn cột cờ cũ 10m) trong đó phần chân cột cao 20,25m, đường kính ngoài thân cột rộng 3,8m. Kiểu dáng bát giác của cột cờ khá gần với kiểu cột cờ Hà Nội. Chân, bệ cột cờ có 8 mặt phù điêu bằng đá xanh mô phỏng hoa văn mặt của trống đồng Đông Sơn và những họa tiết minh họa các giai đoạn qua từng thời kỳ lịch sử của đất nước, cũng như con người, tập quán của các dân tộc ở Hà Giang[6]. Thân cột cờ có cầu thang bộ đi lên đỉnh. Trên đỉnh cột là quốc kỳ Việt Nam với cán cờ cao 12,9m và lá cờ, cũng tương tự như những lá cờ sử dụng trước đó, có diện tích 54m2[5].

Đường lên đỉnh núi có cột cờ cũng được xây dựng lại với 839 bậc đá lên theo lối cũ và đồng thời xây một lối đi mới cũng có số lượng bậc là 839 đi xuống. Dưới chân cột là nhà lưu niệm trưng bày các dụng cụ lao động, trang phục, sản phẩm văn hóa của các dân tộc Hà Giang.

Với khoảng 20,8 tỷ đồng trong đó vốn ngân sách Nhà nước 3 tỷ đồng, vốn tài trợ của Ngân hàng Thương mại Cổ phần Công thương Việt Nam 15 tỷ đồng và Công ty Cổ phần Đầu tư Hạ tầng Kinh doanh đô thị Hà Nội 6,9 tỷ đồng, cột cờ mới đã được xây dựng trong 7 tháng, và khánh thành vào ngày 25 tháng 9 năm 2010[7]. Vào thời điểm khánh thành cột cờ, lá cờ trên đỉnh cột được lắp trong cán cờ làm bằng nguyên một thân cây gỗ pơ mu cao gần 13m.

Trong lễ khánh thành cột cờ mới, Bí thư Tỉnh ủy Hà Giang Hoàng Minh Nhất phát biểu: "việc trùng tu, nâng cấp cột cờ Lũng Cú lần này nhằm khẳng định vị thế của đất nước, chủ quyền của Tổ quốc và tôn vinh tinh thần yêu nước, anh dũng bảo vệ từng tấc đất thiêng liêng của Tổ quốc của đồng bào, chiến sĩ nơi đây." [8]

Ngày 08-03-2010 cột cờ quốc gia Lũng Cú đã được khởi công nâng cấp lại và đến ngày 02-09-2010 đã hoàn thành; hiện nay cán cờ được làm bằng inox.